湖北水泥厂的先天不足是资金短缺，债务过高。其中重要原因是对建水泥厂所需资金估计不足。类比当时唐山的启新水泥厂在水电供应、交通道路、仓库货场、办公场所等设施可资续用的情况下，建设相应规模的水泥工艺生产线其投资也在一百万两白银之多。

而张之洞在招商中曰“就该处石灰窑一带度地建厂，购机开办，约需成本不过银二十万两。”程祖福则以“筹集成本银三十万两，专为办理水泥厂之用”应招建厂。

1907年下半年，湖北水泥厂建设工程启动后，所需的资金数额远多于程祖福应招时预计的三十万两。该公司在清政府农工商部注册资本为库平纹银一百五十万两，但实际募集的资金只有四十二万两。

虽然清政府支持开办工业实业，湖北水泥厂创办之初，张之洞告知程祖福：开办银两资本不足，可以先向湖北官银号借款。但由于实际所需资金与当初所筹备的资金相差甚大，募集资金成为程祖福应招办厂一项重要而且艰难的工作。

经湖广总督府批准，于1908年2月、8月、10月连续三次向湖北官银号借银十三万两；又以公司股票及自己在上海的房产作抵押，向吉林官银号借款六十八万两；继以湖北水泥厂的机器、厂房、土地为担保品，于1910、1911年两次向日本三菱公司借得72万日元。以上借款共计一百五十万两。加上程祖福筹集的四十二万两，到1911年公司投入的资金已近二百万两，其中债务占四分之三以上。

湖北水泥厂建成后的头两年，也说是说在正常年景，公司尚能支付债款利息。1911年10月，辛亥革命爆发。武汉周边战事激烈，时局动荡，市面萧条，湖北水泥厂无法正常生产和经营。至1912年，终因“金融停涩，厂业陷危，货即滞销，成本加重”， 公司亏损已逾40万元，再无力偿还债款本息。

    陷于严重债务危机的湖北水泥厂，引起了日本三菱公司的兴趣。“洋务运动”以来，日本是向中国市场供应水泥的主要国家。日商一直希望在中国内地开办水泥厂，但因清朝政府反对而未能如愿。三菱公司企图成为湖北水泥厂唯一的债权人，从而最终获得产权。于是，1912年5月，三菱公司在上海与程祖福达成协议，同意湖北公司暂缓还款。同年11月，三菱公司又主动提出，可以再借巨款给湖北公司，帮助其还清其他债权人的债务，条件是工厂必须交由三菱公司管理。此意当即被程祖福拒绝。

为表明不出让产权的态度，程祖福随即筹得8.6万元，偿付三菱公司第二期借款的利息。然而一心想获得产权的三菱公司，竟不接受这笔还款，反而推翻暂缓还款的前约，要求湖北公司一次还清所有债款，否则交出工厂管理权。无比气愤的程祖福聘请律师与之交涉，但三菱公司不与理会，而是直接向湖北省政府提出了查封工厂、变卖资产的要求。

1913年3月，三菱公司第四期借款到期，三菱公司于3月4日分别在上海、武汉两地向法院提出诉讼，要求立即查封湖北水泥厂，提出湖北公司若不能在一周内清偿欠款，就应变卖工厂资产还债。当月23日，日本驻汉领事到湖北省政府询究此案，限湖北公司两日内还清欠款，否则要求政府立即查封工厂。

迫于案情和日方逼迫，湖北省政府在1913年3月25日派员赴大冶查封了湖北水泥厂。查封湖北水泥厂一事导致社会舆论哗然，对政府封厂屈从日方强烈不满，程祖福的债务危机已转化为保护民族工业的社会舆论。

封厂后数月间程祖福仍未筹到还债的钱款。谋产之心未死的三菱公司却步步紧逼，一方面公开登报，自行宣布拍卖湖北水泥厂的资产；一方面暗中行贿湖北省实业司官员，开设日华公司，欲假其手买下工厂资产。

为维护中国民族工业，程祖福奋力抗争，多方努力，借款还清了债务，避免了工厂落入日本人手中。这之后，还是由于资金匮乏、债台高筑，1914年大冶湖北水泥厂被启新水泥公司兼并。